臺灣有二間店舖宣稱是珍珠奶茶發明者。 一說台中市經營泡沫紅茶店「春水堂」的劉漢介先生，自稱於1983年開始實驗製作奶茶，又說是店內女職員無意中調製成功[3]。當時所加材料為水果、糖漿、糖漬地瓜、和粉圓。他推出的奶茶剛開始的時候並不受到歡迎，但是偶然機緣下，經一家日本電視節目的訪問後，終於吸引了生意人的注意。

另一說則是臺南市翰林茶館涂宗和先生所發明，據稱約1987年在鴨母寮市場見得白色粉圓而得到靈感。故早期珍珠為白色，而後才改為黑色今貌。但這兩間店皆未申請專利權或商標權，使得珍珠奶茶成為臺灣最具代表性的國民飲料。[4]

1990年代前半，首先是列入「小歇」等連鎖泡沫紅茶店的菜單，由於泡沫紅茶店是咖啡店在台灣流行之前，上班族談生意與學生聚會的熱門場所，珍珠奶茶開始廣受學生喜好。接著，在學校附近或補習班密集的地區、夜市等，逐漸出現珍珠奶茶的攤販。1990 年代後期，有業者引進「自動封口機」取代傳統杯蓋。許多新的投資業者，如樂立杯、休閒小站、大聯盟、快可立等，採用自動封口機開始拓展連鎖外帶飲料店業務。自此，外帶式的珍珠奶茶店成為主流，也因為連鎖店的參加，商人開始將珍珠奶茶拓展到全世界，成為台灣國際知曉的知名食物之一。 為了爭誰才是發明珍珠奶茶,"春水堂"和"翰林茶館"曾互相告到台灣法院。