在台商積極赴大陸投資及大陸當局不斷向台灣招商動之際，以財經見長的臺灣前行政院長蕭萬長經與企業財團領袖會商後，決定籌組兩岸共同基會，推動及研究兩岸建構共同市場。

蕭萬長卸任「行政院長」後，積極鼓吹兩岸共同市場概念，並展開遊說企業界捐款，結合台灣包括台積電董事長張忠謀、統一企業集團總裁高清愿、國泰人壽童事長蔡宏圖以及新光集團的吳東進、吳東亮等人於2001年3月共同籌組成立「兩岸共同市場基金會」。儘管台灣經濟不景氣，蕭萬長還是集合了包括自己在內的20位捐助人，每人捐款新台幣500萬元，成立規模1億元的兩岸共同市場基金會。

該基金會是民間組織，不是官方機構，也沒有政黨色彩，並將基金會定調在研究論壇的角色，是研擬「兩岸共同市場」這個經貿機制，具體運作的規範與互動模式的研究單位。

基金會第一屆董事長由蕭萬長出任，前「行政院」「勞委會主委」詹火生擔任基金會顧問，首任執行長為前長榮集團所屬國策中心執行長、畢業於哥倫比亞大學經濟學系的張瑞猛博士。